对于局限性GIST危险度的评估，应该包括原发肿瘤的部位、肿瘤的大小、核分裂像以及是否发生破裂等。既往采用2002版美国国立卫生署（NIH）的危险度分级，包括肿瘤的大小和每50个高倍镜视野下的核分裂数（表1的数据依据物镜数值孔径为0.65的显微镜镜头：强调必须计数核分裂像较丰富的50个高倍视野）。多项回顾性研究业已证实，上述两项指标与GIST的预后明显相关；同时也发现，仅仅依赖这两项指标预测GIST患者的预后是不充分的。因此，2008年4月，NIH专家组重新讨论了原发GIST切除后的风险分级，并达成新的共识；在2008版新的危险度分级中，将原发肿瘤部位（菲原发于胃的GIST较原发胃的GIST预后差）和肿瘤破裂也作为预后的基本评估指标。