哦说明一下原题来自生物卷子

生物体的水环境里面甘氨酸主要以两性离子形态存在，一般不考虑它的分子内氢键

当然某作业帮说氨基酸没有分子内氢键，不知道有什么依据（大本没讲构象）

这是B3LYP-D3(BJ)/6-31G*在IEFPCM模型表现的水溶剂下，优化后无虚频的甘氨酸分子结构。但是注意，实际情况更可能是甘氨酸分子与水分子形成氢键。因此这里可以看成一个在相对介电常数78.3的电介质环境中甘氨酸的结构，未必代表真实水溶液中的结构。（懒得使用杂化溶剂模型）

对于D-H...A型氢键，通常的判断标准是D-A距离小于3.5Å，A-D-H夹角小于30°。这里这个夹角计算结果是32.27026°，稍微偏大。这个距离是2.51Å，完全符合要求，同时N-H键有明显被拉长的现象。因此通常标准可以说基本没有分子内氢键。但是毕竟氢键也没有很严格的标准，也不能就一刀切说就没有氢键。
“氢键”位置在分子中的原子（AIM）理论中的键临界点的电子密度函数值(B3LYP/ma-def2-TZVPP)是0.05567524458，根据J. Comput. Chem., 40, 2868 (2019)拟合的公式估算出的“氢键”键能为-48.9 kJ/mol，这已经是一个非常强的氢键了。约化梯度密度分析（RDG，又称非共价相互作用分析（NCI））分析同样可以看到表示很强的吸引作用的蓝色等值面。

因此，就这个构象本身而言，我认为应该认为有分子内氢键。至于水溶液中这个构象究竟是否合理，原理上要加上显式溶剂水模型，最好再带着隐式溶剂模型，做构象搜索。暂时没时间计算。