秦始皇焚书坑儒的原因是他担心儒家学说会影响他对中央集权制度的实施，谋求以强权凌驾学问和思想，压制反对声音。他采取这种极端措施，以防止雅客们反对他的建立统一的政权，确保其至上无争的地位。