肠道菌群可以对食物中的成分进行分解代谢，促进对食物中矿物质或其他营养物质的吸收，从而减少粪便量。肠道菌群还参与了多种维生素、氨基酸、多肽或短链脂肪酸的合成过程。例如，肠道菌群能对膳食纤维和内源性肠粘液中不可消化物质的发酵作用提供重要支持，从而有利于短链脂肪酸和某些肠气成分的产生。
免疫与防御功能：
肠道菌群与肠壁内同样数不胜数的淋巴细胞同为“肠道健康守门员”，是共同抵御食物中病原体、毒素、致敏原、致癌物等外来侵略者的重要免疫屏障，还参与了免疫调节、促进宿主产生免疫应答的过程。这种维护疆土完整的“前哨站”一旦沦陷，包括肠道在内的全身多种组织发生感染、炎症、损伤的风险就会升高。
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