宗教可以存在，但必须承认自己不是真理

难以苟同。楼主的说法似乎是想不顾现实基础来调和矛盾。
这么说：科学精神要以事实为依据（参考波义耳《怀疑派化学家》），但当宗教宣称这世界上有神，但却给不出铁证，世界上也找不到神，科学家自然会怀疑这世上没有神。同理，宗教宣称物种不变，但与现实发现的情况相反，科学与宗教的矛盾就不能调和。

反正教皇方济各是承认进化论的

楼主你太天真的。你的观点能成立的前提宗教信徒能认识到我们其实并没有兴趣去“推翻”他们的观点，而是证据显示是怎么样的就是怎么样的，无论人们怎么看待它。但这恰恰是他们做不到的。如果科学每一次进步他们都能解释为，视为对他们神的一次礼赞，那倒好了，可他们总是认为是对他们的威胁。你看看现在吧内的反进化论者，像是要和你和平共处的样子么？最多是你要和善对我，但我可以粗暴无礼地对你，我可以向你要证据，但你向我要证据就是不尊重我的信仰，就是在混淆信仰与科学……
承认吧，不管理论上信仰与科学能多和谐，现实上信仰与科学就是不相容的，因为宗教徒做不到那种理想的，不越界插手，不冒犯他人的信仰。