以前指挥官身份争议太多了。通过一些信息水一下我们指挥官可能的身世之迷。
如果有关注下角色的名字就能清楚，nikke游戏里喜欢用名字表达和隐藏一部分信息。比如童话型都是童话里的名字等。
艾微拉创造了AI伊娃（夏娃名字另一种写法），后可能被人类背叛抢走到太空电梯的空间站当了莱彻女王。
第一个妮姬叫莉莉维丝（莉莉丝名字的另一种写法，亚当第一任妻子，人类之母）。
再然后现时间线的玛丽安（圣母玛丽亚的一种写法）。
结合莱彻女王。其实这部分隐藏信息都指名了她们是同一人，即新生人类“妮姬”之母。
所以作为主角的我指大概率就是初指，然后再往前推就是艾微拉（妮姬之父），充当对应的就是亚当的角色。
圣经故事里亚当用肋骨创造的夏娃。那nikke里就是艾微拉创造了伊娃。因为伊娃被抢走时是不完美的，还没有人类的感情。艾微拉被背叛后，在自己身上留下了后门（也就是现在我们指挥官身上的解除剂），找到合适时机在现在这个时间线去改变过去未能改变的一些事情，或者说完成未完成的事情。
二周年灰姑娘剧情里艾比可以将自己改造成妮姬，那我们现在指挥官一样可以在过去就将自己改造了。
科技树大致就是艾微拉创造了艾微拉粒子(纳米机器人，nikke的核心科技），通过替换（也可说"侵蚀"）人体细胞（包括大脑神经细胞），改造成"妮姬"。
莱彻应该就是原本的人类或者动物被该技术改造后产物（一开始目的用于战争等之类的）。
所以主线剧情很大可能就是围绕艾微拉和伊娃的前世今生去扩充编写的（主线是纯爱故事）。
大家也可以看下b站up漫语-倾心关于部分世界观的解读
以上仅代表楼主根据通过目前一部分信息的猜测，可能带有个人的臆想