基皇子生病及去世时的待遇也很猛：
神龟五年八月月底，基皇子生病，经久不愈。圣武天皇让人造观音像一百七十个，抄经一百七十七卷，希望通过礼佛转经祈求基皇子痊愈。不仅如此，圣武天皇还命令大赦天下，令人到山陵祭奠，期望基皇子早点痊愈。到了神龟五年九月，基皇子的病情越来越重，最终在神龟五年九月十三日驾崩。神龟五年九月十九日，圣武天皇命人将基皇子的遗骸葬于那富山。圣武天皇三日不朝。

反对光明子立后的长屋王在基皇子去世后以“诅咒”的罪名被赐死，疑似是诬陷：
告密发生在基皇子驾崩后，而告密者之一是中臣宫地东人。长屋王的罪名是“诅咒皇太子或诅咒夫人”。这有可能是藤原家族在背后指使的。在长屋王被赐死时，仓桥部女王歌道：“大君诚可畏，非是大荒城，从此隐云里，谁来伸冤屈。”由此可见，长屋王周围的人对长屋王之死表示同情。