幽灵线东京游戏的主线共有6章内容，还有42个支线任务。
主线章节介绍：
第一章：绪(幻影之城)
第二章：累(净化迷雾之力→死亡迷宫→死而无憾)
第三章：缘(光之柱→白暗→剧痛)
第四章：纠(巨人→黑塔)
第五章：绝(东京塔)
第六章：线