故事背景为虚构的19世纪末，梵蒂冈为阻止约7000年前发生的「诺亚大洪水」又称「黑暗三日」再度降临，创建「黑教团」，结集散布各地的INNOCENCE（圣洁），而及寻找其使用的适合者－驱魔师对抗恶魔制造者千年伯爵。
恶魔是以「机械」、「灵魂」以及「悲剧」为材料所制造出来的恶性武器。
千年伯爵制造出这些悲哀的恶魔准备将世界带向终点，而被神选中的圣职者以「对恶魔武器」救赎灵魂，众驱魔师将挺身而战。