有学生问：“中国称上帝，外国亦称上帝，不知万国九洲，普天之下，究有若干上帝？”段正元回答道：“同此天地，即同此上帝。中外虽分上帝，上帝则一。”“上帝者肇造天地人物之真主宰也，《旧约》所云此点正是。无论天地之中，天地之外，诸天诸地上帝俱在，固非一物之上帝，实万物之上帝。非一人之上帝，实万人之上帝。非一国一教之上帝，实万国万教之上帝。”
当美国传教士何乐意质疑说：“上帝既为中外人人所共生，而中国佛道两教，何以不言上帝耶？”段正元回答道：“凡是宗教，无有不尊奉上帝者。道教尊奉太上，佛家尊奉如来，即是尊奉上帝也。”“中国儒释道三教，即不啻上帝之精气神三宝。”“世人谓太虚上帝、太始上帝、玉皇上帝、耶和华上帝者，特风土各殊，语言不一耳，其实总隐微之精，统万变之原者，无非一上帝而已矣。”
何乐意按照西方基督教一神教的思路继续问段正元：“上帝为天地人物真主宰，万教皆同一上帝，故昭事上帝，即可聿怀多福。然则敬爱上帝之外，不即可不敬天地，与圣贤仙佛，祖宗父母耶？”段正元回答：“否！天地为上帝之形体，有天地然后见上帝之功用，如人有身。然后心之虚灵方有实用，是敬天地，即敬上帝也。圣贤仙佛，代上帝立言宣化，是敬圣贤仙佛，即敬上帝也。祖宗父母，代上帝生育教养，是敬祖宗父母，即敬上帝也。焉可举一而废百哉！”
“上帝者，肇造天地人物之真主宰也。无论天地之中，天地之外，诸天诸地，上帝俱在。……实为人王中之真主，天王中之真父。”“上者，至尊无上，帝者，主宰无二。上帝者，永无对待，无中生有，以虚无之本体，为万有之真神。大週天界，细入微尘，无实无虚，莫载莫破，至神至妙，至上至尊，玄之又玄，妙之又妙，无名可加，强以名之，尊曰上帝。”
“上帝者，天地万物之精气神也。化生万物，至公无私，养育群生，各完其量。虽曰视之不见，听之不闻，搏之不得，而其精神之发皇于外者，则固有可见可闻者在焉。曰：上帝精气神之散殊也。假令天地万物，无此精气神以为之主宰，则天地失其高厚，日月失其光明，万物失其生成，所谓易不可见（生生不已之谓易），而乾坤或几乎息矣！假令人身之精气神失其运用，则形固与槁木同朽，心亦若死灰无灵焉。是知有形有象之品物，悉是无形无象所化生，即凡宇宙之精华，其随在显著于事事物物者，何一非至神至妙之表现乎！……上帝恩爱人类之心，犹不仅此也，又复为人谋生后种种之利益，特生万物以备人生饮食、衣服、居住一切所需，于此益见上帝爱人之德，全人之功，殆可谓无所不用其极者矣！”
“上帝有三，然三而一，一而三。无极上帝，辖诸天诸地，无形无象，视之不见，听之不闻。太极上帝，统率一个天地，即是肇造天地人物的真主宰。阴阳上帝，万事万物中，皆有一位，即是《新旧约书》云：‘说有天地，就有天地；说有人物，就有人物。人物皆是上帝所化生……若无上帝，亦无天地，亦无人物。上帝天地人物为一体，即一本散为万殊，万殊归于一本之理也。’”
“道从上帝出者，谓之真道。盖上帝者，道之体，道之元，亦道之母也。子母相生，神妙莫测，无不各得其所，此道之所以可贵也与！”“理者上帝之流行，因物付物，不假安排布置，莫不有条理。”“上帝者，无极之先也。无极者，太极之体也。太极者，无极之用也。以其位居皇帝之上言之，名无能名，实有非常之尊贵，故名之曰‘皇矣上帝’。以其无形无象言之，清空之极，无可名指，故惟无极。以其清空一气言之，有鸿濛之象，无实际形，浑沦一乾坤，故惟太极。由其包含万象言之，阴极生阳，为万物之父，此太极而无极也。阳极生阴，为万物之母，此无极而太极也。阴阳在其中，至道亦在其中，静而为天地之性根，人物之主宰；动而为天地之元气，人物之灵机；胥默化于无极太极中，而生生不息者，此上帝之体用也。”
“无极为无形之主宰，太极为阴阳之主宰，气化为在天成象，在地成形之主宰，皆非上帝也。”“故凡欲知真上帝者，不可不先明无极太极之真相也。”
“中国唐虞三代，尊称上帝者不少，如虞舜之肆类于上帝，大禹之昭事上帝……何言无人称上帝耶？其他耶、回诸教，尊称上帝，皆是后学，盖我中华古昔圣贤，具先知先觉之道者，曾先言之，而实行之，成书具在，可覆按也。