三、种命剧情
与高达seed这样一个描写少年成长的典型、王道向故事相比，高达seed destiny的故事是一个建立在高达seed基础上的非典型、非王道类型的少年成长故事。
前作中，基拉和阿斯兰虽然开局时一个是平民，一个已是一名扎夫特兵，但阿斯兰实际上也不过是名刚踏出军校不久、从未历经过大风大浪的新兵，两人的起跑差距并不大，在随后的战斗中，两人同步提升着战力和觉悟。但高达seed destiny的情况却截然不同，虽仅相差两岁，历经了上次大战的基拉等人在起点上就与刚从军校毕业的真相去甚远。高达seed destiny的故事一方面要描写真从零开始的成长，另一方面又要兼具基拉等人从天真的八十到成熟的满分的成长，这就大大增加了剧情的复杂程度。
（种命戏份变化示意）
高达seed destiny的剧情不管是站在真、基拉还是阿斯兰的角度上看，都完整并且合情合理，只是随着剧情进程，前后戏份有所差异。故事前半段，真作为新登场的主角势必需要更多的塑造篇幅；基拉经过高达seed全集的塑造拿来就能用，不需要额外铺垫。故事后半段，真的对手戏几乎全部落到了基拉一方，外加另一名重要角色阿斯兰从前期的真一方返回基拉一方，就进一步加剧了戏份上的多寡更变。下图归结高达seed destiny的主线剧情：
观众对于一部番剧的状态是绝大多数受众凭借粗略的“印象”看番，小部分死忠关注“印象”背后的“真相”。之所以有那么多观众觉得高达seed destiny后半段“换主角”，问题正出在这种迷惑人的“印象”上——前期的酱油势力一跃成为前期主角的最大对手；前期主角被领导、朋友带到沟里，迷惘暴躁且屡战屡败地和看起来愈发正义的前期酱油势力战斗。
当然，高达seed destiny的剧情并非没有问题。穆虽然失去了记忆，但他并不像生物CPU那样丧失了作为人的思考能力。失忆不是他逃避尼奥时期犯下罪行的理由，可最后剧中的所有人似乎都忘了他的罪行，好像真的无事发生。穆的洗白是高达seed destiny剧情上最严重的问题。
