ND故事紧接《圣斗士星矢》的故事发展，星矢在《圣斗士星矢》最终决战中被冥王哈迪斯之剑刺入心脏，即使返回现世也无法将其拨出。为了挽回星矢的生命，城户沙织决心返回前圣战时代，提前破坏哈迪斯的剑。
与她同行的是极乐净土之战中唯一返回的仙女座瞬，而之前雅典娜与诸神之战已经引起了奥林匹斯众神的不满，在前圣战时代更有空前严峻的挑战在等待他们……
圣斗士星矢冥王神话ND讲述243年前，刚从青铜圣斗士上升为黄金圣斗士的年轻的童虎和史昂二人，得知冥王今世选中的肉体所在的地方，于是决定私自行动。到达目的地时他们发现冥王选中的少年是一个喜爱绘画的少年·亚伦。
正当童虎和史昂要袭击亚伦的时候，亚伦的挚友天马出现，不知圣斗士为何物的天马却穿上了天马星座的青铜圣衣，并向童虎和史昂挥拳相向。但因为实力悬殊，天马被打倒在地。天马趁乱带亚伦逃走。这时，亚伦体内似乎有某种异样的东西在蠢蠢欲动……
故事展现出两个时空
一、现代（1990年）：继承圣斗士极乐净土篇之后的剧情。星矢重伤垂危，纱织毅然决定穿越时空破坏冥王之剑。但雅典娜对人类的极度关怀却激怒了奥林匹斯其它神……被月神所囚的天斗士斗马被派去刺杀星矢，现代剧情的发展方向隐隐指向更加宏大的天界大战。
另外，蛇夫座白银圣斗士莎尔娜因为不明原因袭击星矢，似乎与ND时空中蛇夫座黄金圣斗士的复活有关。
二、ND时空（243年前）：（ND时空）243年前的圣战，雅典娜女神正是从1990年穿越时空而来。由于时空之神柯罗诺斯的所开的“玩笑”，雅典娜化作婴儿姿态降临，而圣域现出有多名叛徒潜伏的迹象。
此时，由水镜率领的哈迪斯军向圣域进攻……上代剧情里星矢的前世“天马”正是前任白银圣斗士水镜的弟子，而好友亚伦却化身为哈迪斯。水镜的立场与真实目的隐隐是前圣战里的关键。
随着剧情深入，水镜的真意渐渐浮上水面。他的背叛行为，与传说中妄图成为神而惨遭神之制裁的蛇夫座黄金圣斗士有关。在越发混乱的战斗中，蛇夫座黄金即将复活......
注：在另一部描述前圣战的圣斗士作品《冥王神话LC》中，主角同样是天马与亚伦，但两部作品描述的并不是同一个世界观，ND的天马和亚伦、LC的天马和亚伦也分别是不同的人物。白羊座史昂，金牛座奥克斯、双子座该隐亚伯，巨蟹座迪斯托尔，处女座释静摩。天秤座童虎，天蝎座的艾卡拉特，射手座Gestalt格式塔，山羊座以藏，水瓶座密斯托利亚，双鱼座卡迪纳尔

最终圣战进行到尾声，顽强拼搏的星矢令冥王哈迪斯想起二百四十几年前，他和那个时代的天马座是朋友。第1话240多年前由于雅典娜没有降生，童史二人被教皇提升为黄金圣斗士。童虎第一时间赶赴“极乐净土”取哈迪斯首级，却遭到史昂阻止。童史二人一同来到“极乐净土”。史昂要对冥王“容器”亚伦下杀手，却被一个被唤作“佩格萨斯”的人所制止。天马的流星拳对童虎、史昂无效。在逃亡的过程中，天马圣衣破桶而出
自己都不知道自己是圣斗士，圣衣真乖这里的天马是人名，不是天马座星矢

哈迪城现身，结界出现。天马在结界下被冥界杂兵痛扁，童虎、史昂出手救下天马。天马自述师承水镜，冥界三巨头天贵星维梅尔结界下称雄。结界下，维梅尔大发神威。危机时，天雄星迦楼罗出面化险情。令人意外的是，这位冥界巨头竟是童虎、史昂的好友，天马恩师的原巨爵座白银圣斗士——水镜！
天马回忆数年前与亚伦、水镜初逢时情景。冥王登基，三巨头回城。在佩格萨斯和巨爵座之水的帮助下，天马三人转危为安。他们透过杯中之水看到了各自未来的影像。

暂停，准备吃饭

另一方面，前代处女座释静摩感觉到女神正在迫近。女神割发问路，侍女卡利斯托带领雅典娜见月神阿尔忒弥斯。舌战成功，月神暗示女神去找时间之神。游击队长拉斯库蒙奉月神侍女之命暗杀雅典娜。瞬被击倒，不死鸟小宇宙一辉击败游击队长，女神到达时间之神的“住所”。谈判成功，时间之神准许女神前圣战三日游。女神完成穿越，以婴儿之姿降临前圣战！教皇持剑欲害女神，仙女座竞技场巧遇天马，星矢性命只剩3天。女神与瞬前往奥林匹斯山寻找月神。仙女会天马，教皇刺女神，处女救驾遭暗算，双鱼叛变。第一个叛徒出现

卡迪纳尔透露黄金还有反叛者，释静摩逃下女神殿。史昂阻仙女，天马助瞬释静摩求助信号受阻，唯得史昂回应。三巨头水镜军团压境，天马、瞬后宫报信，史昂抵强敌，水晶墙被击穿。一辉向月亮魔女询问女神行踪；水镜击倒史昂，流下血泪史昂不敌水镜，危难时一辉赶到。　幻魔拳发作，金牛座击倒冥斗士，奥克斯遇天雄星！史昂忆水镜与童史离别，金牛座奥克斯（我的星座，TMD心态崩了），战死沙场。

卡迪纳尔透露黄金还有反叛者，释静摩逃下女神殿。史昂阻仙女，天马助瞬释静摩求助信号受阻，唯得史昂回应。三巨头水镜军团压境，天马、瞬后宫报信，史昂抵强敌，水晶墙被击穿。一辉向月亮魔女询问女神行踪；水镜击倒史昂，流下血泪史昂不敌水镜，危难时一辉赶到。　幻魔拳发作，金牛座击倒冥斗士，奥克斯遇天雄星！史昂忆水镜与童史离别，金牛座奥克斯（我的星座，TMD心态崩了），战死沙月神侍女卡利斯托命原天斗士斗马刺杀星矢。瞬和天马走进双子迷宫。星矢遇险，魔铃、冰河相救。前圣战，瞬与天马困在双子宫
冰河战败斗马，瞬闯出双子宫。魔铃吐露女神动向，萨尔娜守护星矢。瞬回转双子宫寻天马，危机时水镜赶到。双子座亚伯有意归降冥王军。交手间水镜遇险，双子座该隐现身化危机。潘多拉命三巨头维梅尔等待时机。双子座该隐、亚伯角色互换，令水镜真假难辨。巨蟹座迪斯托尔现身，积尸气送两青铜赴黄泉。身中亚伯幻胧魔皇拳的水镜向巨蟹宫进发双子宫兄弟互殴。比良板瞬遇星矢，得女神相助。迪斯托尔宝棺收青铜，水镜现身第四宫。积尸气对敌无效，反唤醒幻胧魔皇拳，托尔姐比良板放出替罪羊。危机关头，魔拳相互抵销，水镜苏醒。迪斯托尔大显神威，水镜三人命悬一线。天马巧舌转战局，沉默之棺关入棺材匠。该隐双子宫阻一辉，天马途中吐血，瞬先行赶赴狮子宫。一辉解读中星爆不死缘由，该隐起死回星救凤凰。双子宫内双魂更替，一辉昏倒，狮子宫前雄狮怒吼，凯撒阻路！光速拳下人狮互救，天马到达狮子宫。狮子宫上演人狮互助。双子宫一辉提及撒加之乱。本代双子命由神定？怀抱女婴的处女座释静摩被困在教皇厅众神迷宫中。巨蟹座迪斯托尔被救，带领冥斗士抵达狮子宫。戈尔迪撕碎冥斗士，迪斯托尔坐杀冥蚯蚓。水镜奔赴处女宫，巨蟹含泪劝天龙拒出山，遭斗马暴揍。下决心，天龙舍妻儿救星矢水镜抵达无人看守的处女宫。

不料中了释静摩早已设下的埋伏。佛陀四门阻路，战士水镜闯入死门。水镜被女神释放的伟大之光所救。双树园内飞花传书。释静摩见到“十”“三”，意识到圣域将面临崩溃。冰河结冰环困住斗马，天龙白鸟完成穿越。紫龙穿越到天秤宫，师徒相见。童虎升龙霸被拦，紫龙爆衣现龙纹。龙纹证明身份，升龙霸对决，师徒相认

释静摩警示卡迪纳尔，第十三位黄金圣斗士即将复活。另一方面，身处现代的莎尔娜意识受到干扰，魔宫遗址被发现。神话时代被尊为神的蛇夫座被诸神除名。水镜到达天秤宫，童虎被白莲华冰封现代，魔铃鹰爪闪光暂缓莎尔娜魔化进程。过去，童虎以朋友的身份肯请水镜说出真相。处女宫，天马和瞬落入无响空间。解救他们的竟是240年后的处女座黄金圣斗士——沙加！残留在仙女圣衣上的沙加的思念体遇释静摩而觉醒，并救下擅闯佛陀四门的天马。两代处女天舞对轰天舞宝轮吽阿对决。沙加钦点瞬为其后处女座继承人。双方罢战。沙加涅盘，释静摩累倒。
终于2个处女都死了，以后没戏分了，别再说我搞错了

女神落入叛徒双鱼之手…年少的童虎因蛮勇错杀母狮，如今的他不想继续无意义的争斗。另一方面，瞬和天马服用巨爵之水疗伤，带着哭泣的圣衣赶赴天秤宫。卡迪纳尔割下的人头竟是石头。庐山百龙霸对冰枪百牙旋岚，童水倒地。释静摩身前出现佣有伟大小宇宙的小孩，会是雅典娜吗沙织表明来意，替释静摩止血。反弹双鱼玫瑰，吓倒卡迪纳尔。二人顺着阿里阿德涅线团离开众神迷宫。另一方面，童虎《劝酒》送别逝去的水镜。天雄冥衣返故乡，巨头天贵出战。天马为师穿寿衣，童虎决心叛变。（童虎居然叛变了，毁三观啊纯粹一本无间道合集）没找到译本的，谁知道童虎为什么叛变？

一辉抵达巨蟹宫。黄泉比良板，托姐辉哥痛扁冥斗士；天秤宫，童虎誓取女神头。天贵星维梅尔大军抵达比良板。迪斯托尔表示愿意背叛雅典娜。一辉被维梅尔傀儡线控制。托尔“娑婆陀芭陀亚”送一辉至异次元，搬出沉默之棺向维梅尔发问。一辉被传到巨蟹宫。维梅尔称水镜死后将在地狱遭受无尽痛苦。迪斯托尔大骂维梅尔“基佬”，将其关进沉默之棺。棺内伸出傀儡线，反制迪斯托尔。天贵星傀儡线折磨迪斯托尔，紧要关头一辉出手相救．天秤宫，狮子宫，白羊宫前出现蛇使。被称作神的男人要复活了女神怀旧，释静摩发现女神从幼女瞬间长成了少女沙织、释静摩随着阿里阿德涅线步入1990年的时空。二人在SS黄金圣斗士的帮助下重返ND时代，落入教皇厅闪电离子VS凤翼天翔，凯撒认证一辉。沙织被蛇咬，身中萨麦尔之毒。卡迪纳尔退去魔宫玫瑰，掩护释静摩下山，与蛇同归？！冰河坠落宝瓶宫，受到水瓶座攻击。凯撒放一辉，释静摩求援密斯托利亚。

师爷VS徒孙，极光处刑对决，水瓶圣衣被冻结，密斯托利亚认证冰河为未来的水瓶圣斗士，银河星系轨道失常。摩羯宫以藏斩蛇，试炼冰河。大地发生预震，蛇夫宫要出现了，紫龙进入时空裂缝梦邯郸。童虎告诫：能忍辱者得龙珠。平凡一生将结束，紫龙猛醒返杀场。不听劝的紫龙身中猩红毒针，天蝎座艾卡拉特的真面目是透明血管人，原来年少天蝎被毒蝎所蜇，身患怪病，即将人间蒸发。奥德休斯换血疗治，怪病将除，蛇夫逝世。安达里士袭击紫龙，童虎手杖受损，龙珠现身。

龙珠附在紫龙龙纹上。安达里士VS升龙霸。天蝎指甲开裂，艾尔卡特认输。点中紫龙真央点，放行。射手座Gestalt（格式塔）讲述自己变成人马的经历，称其为奥德修斯引发的奇迹。冰河怒斥人马，有辱射手之名。格式塔黄金箭出，冰河只能等死。危难关头，金箭移位，射在人马宫的墙壁之上。碎石剥落，Aiolos遗书显现！Aiolos灵魂穿越，激励后辈。Gestalt神之一矢，验证女神。雅典娜说破人马幻像，再赐女神箭。射手认同女神，准通关。冰河抱着沙织，紫龙带着手杖抵达激震后现世的蛇夫宫。蛇夫催眠疗法为圣域上下全体伤员疗伤，但圣域中的一切随即陷入沉眠……黄金巨蛇口吞女神，排卵保其性命。蛇夫座黄金圣衣飞赴墓地，阿斯克勒庇俄斯借奥德休斯躯体复活！

奥德修斯为凯撒完成了心脏移植手术。但需要柯里昂之果才能实现抑制免疫排他性。凯撒不惜性命全力阻止蛇夫前行。奥德修斯闪过闪电离子，救下凯撒，继续前行。一辉抵达处女宫，被释静摩残念使用无响空间击穿耳膜丧失听力。在即将推开佛陀四门之死门时被奥德修斯所救。蛇夫唤醒释静摩本体，欲用阿斯克勒庇俄斯之杖化解佛陀四门。奥德修斯同时打开佛陀四门，承受生老病死之苦。释静摩曾因荒行失去听觉。奥德修斯将其治好，并称其与神佛对话，是最接近神的人。奥德修斯肉身恢复，释静摩发动攻防一体的战阵——天舞宝轮，天魔降伏发动！天魔降伏令奥德修斯身体溃烂，但释静摩的身体也遭到了反噬。原来这一切都仅仅是一场梦。释静摩睡了。一辉欲报恩，奥德修斯拉其入伙杀女神。佛陀四门再次开启，两人突破四门…终于更完了，下面没出，自行脑补