与其说北洋水师是被本子打败，不如说北洋水师是大清内部政治势力斗争的牺牲品。1888年是北洋水师的巅峰也是走向失败的开始，从1888年开始大清国内所有政治势力不约而同把矛头指向老李的淮军集团。而作为新式军事力事的北洋水师则是各派首要攻击对象。
主要有1.帝党后党之争，2.皇权与汉臣博奕。3.洋务派与保守派对立，4.地方派系南洋北洋之争。即使北洋水师撑过甲年战争，清廷也不会允许北洋发展壮大。
1.帝党与后党之争
帝党的主要成员包括光绪皇帝、翁同龢、志锐、文廷式和张謇等。
光绪皇帝是帝党的核心人物，翁同龢作为光绪帝的帝师，对帝党的形成起着重要作用。他通过科举考试拔擢人才，文廷式和张謇就是他拔识的人才，成为帝党的中坚力量。
帝党形成于1889年前后，主要成员多为不掌实权的翰林、御史、部曹等官员。他们在清廷统治集团中聚结起来，支持光绪帝恢复实权而实现自已的权力，与后党对峙。作为后党的铁杆子淮军集团自然是帝党的敌对象。甲午战争帝党希望通过战争胜利树立光绪威望来结束后党的统治，却忽视北洋水师经过他们多年来的削弱早成空架子。
2.洋务派与顽固派的对立
新思想带来的新体系冲击士大夫既得利益集团。旧士大夫，绿营，旗人形成顽固派长为维护自已的利益长期阻止近代化体系。
洋务派与顽固派的党争也贯穿晚清时期。洋务派以李鸿章等人为代表，他们主张学习西方先进技术，开展洋务运动，创办近代企业、新式学堂，建立近代海军等，旨在通过“自强”“求富”来挽救清朝统治危机。李鸿章创办的江南制造总局、轮船招商局等，为清朝培养了近代工业人才，一定程度上增强了清朝的军事和经济实力。顽固派秉持着传统的封建观念，盲目排外，反对一切西方事物，认为学习西方是离经叛道。在甲午战争前，洋务派大力发展海军，组建了北洋水师，但在购置军舰、引进技术等方面，受到顽固派的诸多阻挠。他们指责洋务派浪费国家钱财，崇洋媚外，使得洋务运动在推进过程中举步维艰。在战争中，这种党争导致清政府内部无法形成统一的战略思想，洋务派主张利用近代化军事力量积极应战，而顽固派却质疑洋务派的军事成果，对战争的支持态度消极，进一步削弱了清政府应对战争的能力。